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香山会议:神经信息学与科学数据共享

龙驹生物网内容组

        主题为“神经信息学与科学数据共享”的香山科学会议第266次学术讨论会于日前在北京召开。浙江大学唐孝威院士、中国科学院上海生命科学院郭爱克院士和解放军总医院尹岭教授为本次会议执行主席,来自全国相关领域的40余位专家参加了会议。   

        会议的中心议题是神经信息学研究、神经信息学数据资源整合、神经信息学数据共享、国际神经信息学网络中国节点——Brain  Bank。会议总结了全国神经信息学联络组4年来的工作;交流了国内外信息学动态和发展趋势;讨论了国际神经信息学网络中国节点——Brain  Bank建设的总体框架;并就如何整合国内外神经信息学资源,开展科学数据共享展开了讨论,提出了神经信息学“十一五”发展方向。   

        中国神经信息学工作进展   
        2001年9月3-5日,香山科学会议组织召开了以“人类脑计划与神经信息学”为主题的第168次学术讨论会。与会专家们认为“人类脑计划”是继基因组计划之后又一国际性科研大计划。中国应尽快加入这一国际组织,启动这项工作,开展具有中国特色的神经信息学研究,展示中国神经信息学科研成果。为保证这项工作顺利开展,根据专家建议,成立了全国神经信息学联络组,并将中国传统医学与神经信息学、汉语认知脑功能成像和特殊感知觉与神经信息学作为中国进行人类脑计划神经信息学研究的切入点。   

        2001年应“全球人类脑计划”总负责人,美国NIH神经信息学中心主任Koslow  博士的邀请,经国家科技部领导批准,唐孝威院士、尹岭教授、唐一源教授代表中国加入了经济合作与发展组织(OECD)-全球科学论坛(GSF)-神经信息学(NI)工作组。他们代表中国多次参加OECD-GSF-NI工作组会议,介绍“人类脑计划和神经信息学”在中国的进展情况,参与制定全球人类脑计划的发展计划、工作指南和数据共享策略的讨论。Koslow博士认为,“中国参与OECD-GSF-NI工作组,对于中国专家在神经信息学研究领域与国际保持同步有着重要意义,相信中国在这方面会对世界做出大贡献。”   

        联络组2001年起草的“中国人类脑计划与神经信息学的建议案”得到了科技部和自然科学基金委的大力支持。神经信息学联络组单位获得多项有关神经信息学研究的资助。其中“973”科技部基础研究重大研究计划1项,科技部基础研究重大项目前期专项2项,国际合作项目2项。国家自然科学基金委8项,教育部1项,解放军总后卫生部1项、总装备部1项等。   

        4年来,我国神经信息学研究工作取得了较快进展,神经信息联络组成员由最初的6人,发展到现在的18人,分布于北京、浙江、辽宁、上海等10个省、市、自治区。参与神经信息学相关研究的单位由最初的7个,发展到现在的24个(包括:浙江大学、解放军总医院、大连理工大学、清华大学、北京大学、中国科学院生物物理所、中国科学院心理所等高等院校和科研院所)。我国已经创建了一支学科交叉性较强、学术水平高、年龄结构合理的神经信息学的研究队伍。包括神经科学、神经病学、心理学、数学、物理、化学、信息学、计算科学等学科的专家学者。从事神经信息学相关研究的人员由最初的30余人,发展到现在的250多人。召开了4次全国神经信息学联络组会议,举办3次全国神经信息学学习班。中国科学家多次出席OECD-GSF-NI工作组会议,参与神经信息学工作指南和合作研究计划的讨论和制定,通过参与OECD-GSF-NI国际合作工作,及时了解到国际神经信息学发展动态,使中国神经信息学工作能够与OECD-GSF-NI保持同步。同时,出版神经信息学通讯2期,收集论文114篇。   

        本次会议与会专家就各自领域最新研究进展及神经信息学技术对该研究的促进作用做了精彩的报告。如:视觉是研究意识问题的突破口(汪云九)、感知觉与神经信息学—模拟嗅觉神经系统的混沌网络模型及其在信息处理中的应用(李光)、汉语认知脑功能成像的神经信息学研究概况(唐一源、王秀坤)、针刺神经信息学研究(尹岭)、多通道在体神经电生理记录技术(林龙年)、中医脑病临床科研数据共享(高颖)等。   

        中国自2001年9月加入该组织后,开展了针刺、汉语认知、视听嗅觉等神经信息学研究,取得阶段性成果,积累了一定数量的神经信息学资源。在科技部“973”国际合作重大项目的资助下,在中国科学院计算机网络信息中心的大力支持下,中国神经信息学联络组对国内外神经信息学数据资源进行了调研,并根据国际神经信息学网络建设的基本框架和中国神经信息学现有数据资源,进行了Brain  Bank数据库建设的需求分析、元数据标准和数据集制作标准的研究。   

        与会专家就工作组提出的国际神经信息学网络中国节点——Brain  Bank的需求分析报告和元数据标准(1.0版)进行了热烈的讨论,并提出了修改意见。   

        国际神经信息学动态和发展趋势   

        全球人类脑计划/神经信息学的概念最初由美国提出,1999年在美国与欧共体合作的基础上形成USA-EC神经信息学双边合作组织。2000年在OECD的科学论坛(GSF)批准下,建立以美国为牵头国家的神经信息学工作组(OECD-GSF–NI工作组),参加国家有:美国(组长)、英国、法国、日本、中国等21个成员国或观察员国。这标志着神经信息学全球合作计划正式启动,其概念已经在国际范围内得到认可。   
        2004年4月的OECD-GSF-NI巴黎工作会议上,原OECD-GSF-NI工作组更名为国际神经信息学协调委员会(International  Neuroinformatics  Coordinating  Facility,INCF),负责具体执行新一轮神经信息学国际合作计划(Program  in  International  Neuroinformatics,PIN)。   

        INCF提出神经信息学的最终目标依旧是建立一个有关神经系统所有数据的全球知识管理系统和网络协同研究环境,组织全世界最顶尖的研究机构和科学家,开展全球性脑科学科研大协作。目前的任务是协调全球神经信息学工作、制定神经信息学的发展计划、工作指南、数据标准和共享规范。   

        因此,要求每个成员国/观察员国成立INCF的分支机构,并在OECD-GSF-NI统一标准和规范的基础上,建立神经信息学数据库网络管理系统和神经信息学国家节点;通过国际神经信息学网络,提供具有区域特征能够为世界共享的神经信息学资源,共享全球人类脑计划的科研成果。   

        1、美国——全球人类脑计划/神经信息学的发源地   

        美国神经信息学的国内分支机构是美国国立卫生院(NIH)神经信息学办公室。该国对人类脑计划/神经信息学的专项资助(Phase  I  和Phase  II研究基金)目前已近1亿美金,资助方向是神经科学和信息学相结合的研究内容。美国人类脑计划/神经信息学的研究集中在嗅觉神经信息学(Yale  University)、人脑图谱(UCLA  University)和认知神经信息学(Dartmouth  College)三个方面。美国重视神经信息学人才培养,  NIH已启动专项培训和教育计划,资助神经科学和信息学的交叉学科人才的培养。   

        2004年,在人类脑计划与神经信息学资助十周年纪念会上,美国确定未来与企业的合作资助计划,第一笔1亿美金项目已启动,主要目标是小鼠的基因图谱与脑图谱研究,计划在几年内公开所有研究数据。   

        2、欧洲共同体对人类脑计划/神经信息学的贡献   

        欧共体自1999年与美国共同成立USA-EC神经信息学双边合作组织以来,在全球人类脑计划/神经信息学国际合作中扮演重要角色,具有很好的工作基础和突出贡献。欧盟委员会近年来坚决支持其成员国参与OECD-GSF-NI工作组各项活动,并协助美国建立和完善了国际神经信息学协作组织(INCF),成功争取了国际神经信息学协作组织主办国地位,并联合欧盟15个成员国投入科研基金,建立欧洲神经信息学数据库,发行神经信息学SCI杂志。   
        欧洲神经科学和计算神经科学研究有着悠久的历史,因此在对神经信息学的认识上,与美国有所不同。在美国,神经信息学强调神经科学数据库的建立和共享,而在欧洲,在致力于建立神经科学共享数据库的同时,更强调神经系统中的信息处理的研究信息学工具的开发。   

        目前,英国医学研究委员会(MRC)启动神经信息学人才培养计划,开始授予神经信息学博士学位,英国、德国、荷兰、波兰等国相继建立了神经信息学网站投入运行或试运行。   

       3、国际神经信息学网络澳大利亚节点   

        澳大利亚已经建立一个国家级神经科学信息学平台(Neuroscience  Informatics  Platform),得到政府专项的基金资助。其目标是使澳大利亚在人类脑计划/神经信息学领域处于国际最前沿。增强国家神经科学研究的能力,并为澳大利亚的健康和生物技术产业提供商业机会。该平台已经开发了一套包括计算资源、网格中间件、通过internet访问的图像数据库和标准化的神经图像分析工具在内的神经网格(NeuroGrid)工具。用户可定制功能的神经网格入口(portal)正在开发之中。神经科学信息学平台将成为国际神经信息学项目在澳大利亚的一个节点。神经科学信息学平台建设项目还得到了一些商业组织的支持,包括行为、心理、神经图像和基因表达数据库。   

        4、国际神经信息网络日本节点   

        日本1999年启动的“脑的时代”计划,为在日本建立神经信息学研究基础,“视觉研究中的神经信息学”计划作为前瞻项目,由日本科学和技术部资助(现由日本教育、文化、体育和科技部,Ministry  of  Education,  Culture,  Sports,  Science  and  Technology资助)于同年启动,这是日本第一个人类脑计划/神经信息学项目。   

        第一个目标是建立视觉系统不同水平的数学模型:单个神经元、视网膜神经回路和高级视觉功能;第二个目标是建立一个称为“视觉图谱平台”神经信息学集成资源环境;第三个目标是开发具有类脑神经信息处理机理的视觉器件。有五个主要研究小组承担以下工作:建立单个神经元的数学模型、基于视网膜生理实现虚拟视网膜、采用计算和系统方法研究视觉功能、采用硅芯片技术记录和刺激实现人工视觉器件、基础神经信息学研究和开发。   

        5、国际神经信息学网络韩国节点   

        韩国“脑神经信息学研究规划(The  Korea  Brain  Neuroinformatics  Research  Program,BNRP)”,由韩国科学和技术部组织,韩国先进科学研究所脑科学研究中心负责人李寿永教授牵头,于1998年11月启动,为期10年,强调目标明确的多学科梯队研究,  其目的在于:1)了解生物脑的信息处理机制;2)基于该机制,开发具有“人样(human-like)”信息处理能力的人工机器。   

        6、中日韩印神经信息学四国会议   

        为了加强亚洲各国在神经信息学研究的交流和合作,中日韩印等国组织了定期区域性的神经生物学和神经信息学学术会议。每年一次已经连续召开六届。2005年11月,第七届中日印神经生物学和神经信息学学术会议在中国厦门举行。   

        神经信息学与科学数据共享   

       人类脑计划/神经信息学的目标是建立一个有关神经系统所有知识的全球管理系统和网络协同研究环境。使得科学家们能够灵活有效地管理有关脑的实验数据和研究结果。最大限度地利用这些实验数据和结果,共享国际神经信息学资源,减少不必要的重复性研究和人力物力的浪费。   

        2005年8月30日至9月3日在法国巴黎联合国教科文组织(UNESCO)总部召开了国际“科学数据共享政策和指南”(CODATA)工作会议,中国科学家代表出席了会议,参与讨论制定国际科学数据共享政策和指南。中国代表做了有关中国科学数据共享工程的报告,受到了各国政府官员和科学家代表的高度赞扬。会议决定2006年11月在中国北京召开CODATA  40周年大会,同时设立Brain  Bank分会。   

        国际神经信息学网络  中国节点——Brain  Bank   

        国际神经信息学网络建设是一项重大高科技系统工程,是近几年人类脑计划/神经信息学的主要工作任务。要求由国际上顶尖的研究机构和科学家负责,对神经信息学数据库内容(包括数据、信息和知识)进行有序管理和共享服务。要求每个成员国/观察员国建立国际神经信息学网络国家节点。   

        2004年“国际神经信息学网络中国节点建设”,作为科技部“973”国际合作的重大项目立项。聘请计算机网络信息学专家编写了《Brain需求任务书》和Brain  Bank的元数据标准。与中国科学院计算机网络信息中心联合开发出国际神经信息学网络中国节点(www.brainbank.cn),进入试运行阶段。   

        专家对神经信息学网络中国节点提出很好的建设性意见,计划利用半年时间进行数据库改造和数据库内容更新,进一步完善服务功能,在2006年5月正式对外开通。   

        “十一五”中国神经信息学工作要点   
        1、加强神经信息学联络组工作   

        加强全国神经信息联络组工作,建议根据神经信息学不同研究方向增加联络组成员。负责组织神经信息学各研究方向专家和学者开展协作研究、资源整合、数据共享和信息交流。   

        2、国际神经信息学网络中国节点建设   

        完善Brain  Bank中文版,搭建起全国神经信息学网络协同研究工作平台,为全国神经信息学的专家和学者提供信息化服务。创建Brain  Bank英文版,使中国节点成为国际神经信息学网络的重要组成部分。缩小中国在该领域与国际发达国家之间的差距,提高中国神经信息学的整体研究水平。   

        3、开展神经信息学研究工作   

        中国以中国传统医学、汉语认知和特殊感知觉神经学研究作为加入全球人类脑计划与神经信息学的切入点。在继续做好上述研究工作的同时,专家们建议,应该将中国在其他研究方向与神经信息学有关的研究内容不断地纳入中国神经信息学的研究范围,如:数字神经系统解剖与神经信息学、神经电生理与神经信息学、人机接口与神经信息学、信息学工具与神经信息学、临床神经病学及精神病学的信息开发和利用、神经信息学涉及的伦理问题等。   

        4、神经信息学科学数据共享   

        (1)神经信息学数据资源体系建设:开展中国神经信息学资源调查和需求分析,按照数据共享标准,建立神经信息学数据资源体系。   
        (2)神经信息学数据共享标准体系建设:根据科学数据共享的系列标准和神经信息学专业特性,研究制定神经信息学元数据标准、分级分类标准和数据集制作规范。   

        (3)国际神经信息学数据资源引进和本地化改造:组织人力对国际神经信息学数据资源进行调查,根据国内用户需求,选择具有权威性数据库和较高应用价值的数据库内容,开展数据资源引进和本地化改造工作。探索出成本低、引进速度快、更新周期短的方法和途径。使中国用户能够及时共享全球人类脑计划神经信息学科研成果。   

        5、学术交流   

        (1)全国神经信息学联络组会议:继续组织好一年一次的全国神经信息学联络组会议,各协作组之间进行学术交流。   
        (2)神经信息学协作组会议:利用国际神经信息学网络组织国内外同一研究方向的专家和学者进行学术交流。   
        (3)参加神经信息学国际交流:继续参加国际神经信息学国际会议,分析国际神经信息学研究动态。   
        (4)筹办神经信息学国际会议:2006年11月22-25日在北京召开国际数据组织(CODAT)40周年大会,全国神经信息学联络组负责组织Brain  Bank分会,届时http://www.brainbank.cn,  的英文版将正式开通。进一步提升中国神经信息学的国际地位。


   

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